市畜牧局机关设 5 个职能科室:

（一）办公室(挂计划财务科牌子)

负责组织协调各科和直属单位的工作；负责人事、劳动、科教、宣传、外事、信访、老干部管理等工作；负责文秘、信息、机要、档案工作。负责局机关日常行政管理、后勤服务和接待工作；负责重要会议的筹备工作。

负责拟定畜牧业的长远规划和年度计划；管理全市畜牧业基地建设投资和事业经费，拟定预算和编制上报决算，检查和监督使用结果；负责统计和内部审计工作；指导种畜禽场的经营管理，指导畜牧业企业财务管理。

（二）畜牧科

贯彻执行国家和省有关发展畜牧业的方针、政策、法律、规划；拟定全市畜牧业的有关规定，组织制订畜牧业的区域规划和畜禽改良规划；主管种畜禽及畜产品的质量标准，依法对种畜禽生产经营进行监督管理；负责全市畜牧业商品基地的建设管理工作；负责畜牧业环境保护工作；负责审定畜牧先进技术推广项目。

（三）兽医科

贯彻执行兽医兽药有关法律、法规，制订实施办法，依法对兽医医政、药政进行监督管理；制订全市畜禽疾病防治规划；负责基层兽医站的宏观管理；审定兽医先进技术推广项目；协调兽医防、检、治工作。

（四）饲料工业科（挂市饲料工业办公室牌子）

贯彻执行饲草、饲料有关法律、法规，依法对饲料工业进行行业管理；会同有关部门制订饲料工业发展战略、规划和政策、重大技术措施；主管产品质量标准审定并监督执行；负责饲料行业的重大技术改造，按照权限审发生产许可证，协助组织我市饲料质量监测和检验工作。

（五）畜牧产业化办公室

汇总、审核、上报我市畜牧业重点建设项目；监督检查重点项目计划的执行情况,定期组织召开重点建设项目调度会;负责重点建设项目招标、投标的管理和监督检查；负责重点项目的竣工验收和评价工作；重点建设项目目标的考证和奖惩工作；负责组织编制项目的前期工作经费计划；负责固定资产投资项目库的建设和管理服务工作；负责管理和进行工程咨询业务；负责世界银行、亚行等外资引进的有关工作；负责项目申报、实施和管理工作。